Sau năm 1975, Phan Thanh là một xã thuộc huyện Nguyên Bình.

Xã Phan Thanh được chia thành 10 xóm: Bình Đường, Bản Chiếu, Lũng Chủ, Nặm Sơ, Tổng Sinh, Phúng Liáng, Cáng Cam, Phiêng Lầu, Pác Cai, Nà Mùng.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, Hội đồng Nhân dân tỉnh Cao Bằng ban hành Nghị quyết số 27/NQ-HĐND[3] về việc:

• Sáp nhập hai xóm Tổng Sinh và Nặm Sơ thành xóm Tổng Sơ
• Sáp nhập một phần xóm Bản Chiếu vào xóm Phiêng Lầu
• Sáp nhập một phần xóm Lũng Chủ vào xóm Pác Cai
• Sáp nhập phần còn lại của xóm Lũng Chủ vào phần còn lại của xóm Bản Chiếu.